Dříve se v naší přírodě vyskytoval poměrně hojně, dnes patří mezi zákonem chráněné a silně ohrožené druhy. Vstavač kukačka je podle Červeného seznamu dokonce kriticky ohroženým druhem rostlin. Důvodem jsou změny v obhospodařování krajiny, které vedly k jeho razantnímu úbytku. Tam, kde ještě roste, jej pečlivě sledují odborníci. Například v Plzeňském kraji letošní monitoring ukázal, jaký vliv má sucho na tuto naši orchidej.